L’utilisation intensive des herbicides a eu pour conséquence leur grande présence dans l’environnement. En dépit des régulations de plus en plus sévères au niveau de l’application des pesticides dans le domaine de l’agriculture. les systèmes aquatiques sont de plus en plus pollués
par divers produits chimiques, ce qui entraîne leurs dérèglements. Les produits phytosanitaires qui se retrouvent par lessivage des sols dans le biote aquatique peuvent affecter de façon négative les organismes aquatiques et agir sur l’équilibre d’une communauté aquatique en déterminant quel taxon ou quelle espèce est en mesure de devenir l’organisme dominant dans l’écosystème. Les plantes aquatiques non-cibles sont exposées de multiples façons et sur de longues périodes aux herbicides car tous ces produits toxiques épandus de façon individuelle se retrouvent finalement tous réunis dans les systèmes aquatiques.
De plus, les effets délétères des pesticides sur les espèces microbiennes ou planctoniques peuvent entraîner des impacts négatifs aux niveaux trophiques supérieurs. Par exemple, un changement de la composition lipidique, de la qualité nutritive du phytoplancton ou un changement dans la composition de la communauté phytoplancton peut affecter la vitesse de croissance des consommateur zoo-planctoniques. En effet, une baisse de la présence de certains de ces organismes qui servent de nutriments pour d’autres espèces peut être dommageable pour les espèces consommatrices. On se rend de plus en plus compte qu’il est impératif de tester les effets des mélanges d’herbicides afin de prédire les effets écotoxicologues sur les écosystèmes aquatiques qui recueillent les lixiviations provenant les épandages agricole. Les cyanobactéries, ou algues bleu-vert, sont des procaryotes (règne des Monères) classifiés comme bactéries Gram-négatives possédant de la chlorophylle (A) et capables de photosynthèse.
Les floraisons ou efflorescences (bloorns) de cyanobactéries sont très souvent observées dans 2 des eaux eutrophes. Certaines conditions de nutriments, pH, lumière peuvent affecter la création de ces blooms tout comme la présence de zooplancton brouteur et la compétition avec d’autres organismes photo-autotrophes. L’augmentation de l’eutrophisation anthropique des cours d’eau provenant principalement de l’agriculture crée des conditions propices à l’éclosion des floraisons de cyanobactéries qui infestent les plans d’eau douce et sont des indicateurs de mauvaise qualité de l’eau. De plus, ces floraisons sont à même de dérégler l’équilibre du biote aquatique . Macrocystis aeruginosa est une cyanobactérie créant des efflorescences et qui est trouvée dans le monde entier. Certaines souches de Microcystis aeruginosa produisent des heptapeptides cycliques hépatotoxiques appelées microcystines qui peuvent être délétères aux organismes aquatiques et même pour les humains lorsque cette toxine se retrouve en trop grande quantité dans l’eau potable.
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